La misión de la Fundación es apoyar el desarrollo de proyectos estratégicos a corto, medio y largo plazo en el ámbito de las tecnologías de hidrógeno y pilas de combustible, de manera que creen empleo, que se genere riqueza y que mejore la competitividad del tejido industrial en la Comunidad Autónoma de Aragón.
Desarrollar una agenda estratégica que contenga líneas maestras de los pasos a realizar y de un horizonte temporal para los mismos y que integre las actividades de la comunidad científica, el estado actual de la tecnología y los proyectos de las empresas.
Impulsar la red de empresas donde la Fundación Hidrógeno Aragón sea el núcleo principal que vincule la investigación científica aplicada producida en nuestros centros de I+D con el desarrollo tecnológico industrial.