Los Museos de Mequinenza se enmarca en el Aiguabarreig de Mequinenza. un espacio natural de gran trascendencia como área de reproducción, invernada y descanso de fauna migratoria. Con la unión de los ríos Ebro, Segre y Cinca, constituye la mayor confluencia fluvial de la península ibérica, una de las más grandes de Europa y una de las de mayor interés biológico y ambiental en España.
Los Museos de Mequinenza forman parte desde 2017 de la Red Ibérica de Espacios Geomineros, de la asociación de espacios literarios “Espais Escrits” y desde 2020 de la Global Network of Water Museums – UNESCO IHP (Red Mundial de Museos del Agua de la UNESCO-IHP).